1)馬德里注冊(cè)需要申請(qǐng)基礎(chǔ)，歐盟注冊(cè)不需要;2)在時(shí)間方面，順利的情況下，通過(guò)馬德里指定歐盟注冊(cè)比直接通過(guò)歐盟申請(qǐng)注冊(cè)完成所需的時(shí)間長(zhǎng)。通過(guò)馬德里指定歐盟的申請(qǐng)是經(jīng)我國(guó)國(guó)家商標(biāo)局提交至國(guó)際局，再由國(guó)際局遞交給歐盟內(nèi)部市場(chǎng)協(xié)調(diào)局，最后才由內(nèi)部市場(chǎng)協(xié)調(diào)局分發(fā)給歐盟成員國(guó)審查;歐盟申請(qǐng)則是直接將申請(qǐng)?zhí)峤恢翚W盟市場(chǎng)協(xié)調(diào)局，然后分發(fā)給各個(gè)歐盟成員國(guó)審查，馬德里注冊(cè)一般是在各成員國(guó)收到申請(qǐng)后12～18個(gè)月內(nèi)審查完畢，歐盟注冊(cè)一般也是12～18月就可以完成。由于馬德里注冊(cè)指定歐盟的申請(qǐng)前期需要經(jīng)過(guò)層層轉(zhuǎn)交才能到達(dá)各歐盟成員國(guó)，所以總時(shí)間上有半年左右的差距。3)在注冊(cè)證書方面，通過(guò)馬德里指定歐盟注冊(cè)成功后，國(guó)際局不會(huì)頒發(fā)相應(yīng)的注冊(cè)證書;而通過(guò)歐盟直接注冊(cè)完成后歐盟內(nèi)部市場(chǎng)協(xié)調(diào)局將核發(fā)注冊(cè)證作為商標(biāo)的權(quán)利憑證。4)在費(fèi)用方面，通過(guò)馬德里指定歐盟的費(fèi)用要比直接通過(guò)歐盟申請(qǐng)的費(fèi)用低。5)就申請(qǐng)程序而言，馬德里注冊(cè)指定歐盟的申請(qǐng)前期需要經(jīng)過(guò)層層轉(zhuǎn)交才能到達(dá)各歐盟成員國(guó)。